En el año 2001 se crea la Unidad de Protección de Medio Ambiente Marino, con el objetivo de impulsar y coordinar los planes y programas para la protección ambiental del medio marino y de los ecosistemas costeros, así como el seguimiento ambiental de las actividades realizadas mar a dentro. Entre sus competencias figura la participación en los organismos internacionale, la negociación y el seguimiento de los Convenios Internacionales, en relación con las materias de competencia de la Dirección General de Costas (Plan de Acción del Mediterráneo, Convenio de Barcelona, Convenio Protección Atlántico Norte, Convenio Ramsar protección Humedales, etc).